两种保险有本质区别。传统农村合作医疗保险是以镇乡(或村)为统筹单位，统筹规模小，其医疗资金由农民自筹或由村集体组织解决，政府基本没有资助，筹资水平低，保险层次单一，保障程度低，无法有效解决农民抵御大病风险问题。而城乡居民大病医疗保险是以县(市、区)为统筹单位，大病医疗保险统筹基金由个人缴纳、政府经济补助形式，根据个人缴纳金额大小分为大额大病医疗保险和小额大病医疗保险，保障水平明显提高。